RESUMO Para análises de genômica funcional, é indispensável que o RNA esteja íntegro. Folhas de Passiflora edulis são ricas em metabólitos secundários que dificultam o processo de extração de RNA, principalmente por desencadearem processos oxidativos e precipitarem juntamente os ácidos nucleicos. Este estudo objetivou analisar três métodos de extração de RNA: Concert™ Plant RNA Reagent (Invitrogen), TRIzol® Reagent (Invitrogen) e TRIzol® Reagent (Invitrogen)/gelo- produtos comerciais específicos para extração de RNA, e indicar qual é o mais eficaz para uso em folhas de maracujazeiro. O RNA extraído com o método TRIzol® Reagent (Invitrogen) não apresentou razões A260/A280 e A260/A230 satisfatórias, tampouco concentrações ideais, ao contrário dos outros 2 métodos. A eletroforese em gel de agarose mostrou, pelo método Concert, banda nítida de DNA em todos os extratos obtidos, o que não ocorreu com os métodos TRIzol e TRIzol/gelo. Com o método TRIzol, as amostras apresentaram arraste durante a eletroforese. Devido à menor contaminação com DNA, às razões A260/A280 e A260/A230 ideais e maior integridade das amostras, o RNA proveniente do método TRIzol/gelo foi utilizado para a RT-PCR. Os amplicons obtidos apresentaram alta similaridade. Considerou-se o TRIzol/gelo como método preferencial para extração de RNA em folhas de P. edulis.
ABSTRACT Functional genomic analyses require intact RNA; however, Passiflora edulis leaves are rich in secondary metabolites that interfere with RNA extraction primarily by promoting oxidative processes and by precipitating with nucleic acids. This study aimed to analyse three RNA extraction methods, Concert™ Plant RNA Reagent (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), TRIzol® Reagent (Invitrogen) and TRIzol® Reagent (Invitrogen)/ice -commercial products specifically designed to extract RNA, and to determine which method is the most effective for extracting RNA from the leaves of passion fruit plants. In contrast to the RNA extracted using the other 2 methods, the RNA extracted using TRIzol® Reagent (Invitrogen) did not have acceptable A260/A280 and A260/A230 ratios and did not have ideal concentrations. Agarose gel electrophoresis showed a strong DNA band for all of the Concert™ method extractions but not for the TRIzol® and TRIzol®/ice methods. The TRIzol® method resulted in smears during electrophoresis. Due to its low levels of DNA contamination, ideal A260/A280 and A260/A230 ratios and superior sample integrity, RNA from the TRIzol®/ice method was used for reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), and the resulting amplicons were highly similar. We conclude that TRIzol®/ice is the preferred method for RNA extraction for P. edulis leaves.